北部湾港钦州码头有限公司前身为钦州市港口（集团）有限责任公司（以下简称“钦州码头公司”），成立于2004年10月，是原钦州港务局按照政企分开原则改制后组建。现是广西北部湾国际港务集团有限公司港口板块旗下全资子公司，主要从事码头运营管理。
钦州港区经营码头主要分布于金谷港区、大榄坪港区、三墩港区，码头岸线总长7,602.3米，布置27个泊位，万吨级以上泊位25个，其中30万吨级原油泊位1个，10万吨级集装箱泊位10个（其中4个为全球首个采用U型工艺布局、全国首个海铁运自动化集装箱泊位），12万吨级多用途泊位2个，7万吨级滚装泊位1个，7万吨级多用途泊位2个，7万吨级通用泊位4个，7万吨级散杂货泊位2个，5万吨级通用泊位1个，3万吨级散杂货泊位2个，年设计通过能力15,053万吨，其中集装箱通过能力606万TEU，车辆通过能力37.2万辆。
“十四五”期间，为适应发展需要，钦州港片区计划投资超过百亿，主要建设钦州港大榄坪港区大榄坪作业区1号至8号泊位、大榄坪南作业区7号至18号泊位和大环作业区17号至22号泊位等。“十四五”期间共计划新增11个经营性泊位，截至目前，已完成投产的码头泊位有：4个10万吨级自动化集装箱码头泊位（其中大榄坪南作业区9号10号泊位水工结构为20万吨级），2个10万吨级多用途泊位（大榄坪南作业区12号13号泊位完成改造投入经营），2个7万吨级通用泊位和1个5万吨级通用泊位。预计到“十四五”末，将再新增2个7万吨级通用泊位，钦州港区码头泊位将达到29个，年设计通过能力达到1.62亿吨，助力北部湾港实现千万标箱大港目标。
目前北部湾港集装箱航线80条，外贸49条（远洋航线6条），内贸31条，其中挂靠钦州港的集装箱航线73条，其中外贸43条，内贸30条，基本实现国内主要港口和东南亚、东北亚主要港口全覆盖，通达全球100多个国家的200多个港口。
2025年1-3月，钦州港本港（含30万吨油码头）完成吞吐量3901.24万吨，同比增长16.44%。其中散杂货858.81万吨，同比增长7.04%；集装箱165.70万标箱，同比增长10.87%；30万吨油码头完成143.33万吨，同比减少42.86%。
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